L'interno, del XII secolo, è di stile romanico-gotico ed è suddivisa in tre navate che terminano con absidi semicircolari.
Entrando dal portale della chiesa, e ponendoci all’inizio della navata centrale, vediamo che le colonne, quelle di destra e quelle di sinistra, ci appaiono diverse tra di loro.
Quella di destra, le colonne poggiano direttamente a terra, sono più piccole rispetto alle rispettive di sinistra, sono alte, slanciate, l’impressione è che si allunghino verso l’alto.
Mentre quelle di sinistra sono l’esatto opposto, poggiano su pesanti basi in pietra che le stacca da terra e le fa sembrare ancora più tozze e basse, sono colonne pesanti, danno l’impressione di essere ben ancorate a terra e non riescono ad ottenere quello slancio verso l’alto che invece hanno le colonne di destra.
La prima colonna di destra ha circonferenza di 5,10 metri, quella di sinistra ha circonferenza di ben 9,70 metri, ed esce da uno zoccolo di 11,30 metri: quasi il doppio.
Le volte sono molto semplici, tutte presentano le nervature a sezione rettangolare ad esclusione delle prime tre volte della navata centrale che sono nervature a sezione tonda, queste sono colorate a fasce bianche-rosse o blu-rosse; tutte presentano le vele intonacate di un bianco panna con, per ogni singola vela, disegnata una stella a otto punte di colore rosso e queste stelle rosse sono sempre presenti in tutte le volte, solo nella navata centrale si aggiungono nelle vele altri simboli.
Così come le chiavi di volta che, nella navata centrale sono tutte differenti,
mentre nelle laterali sono tutte simili con impressa una stella bianca a sei punte su sfondo scuro.
Le colonne sono cruciformi, le volte a crociera cordonate, tranne le ultime campate prima delle absidi e bracci del transetto che sono a botte.
Appoggiato a un pilastro della navata centrale, spicca un raro pulpito tardogotico.
Tra le opere di maggiore rilievo da segnalare:
- Il gruppo scultoreo in stile gotico-alemanno della crocifissione con San Giovanni e la Vergine, databili all’inizio del XVI secolo: il marcato allungamento dei corpi induce a pensare che le statue si trovassero al di sopra degli stalli del coro o su un altare laterale.
- Il polittico in legno scolpito e dorato, opera di Oddone Pasquale da Trinità databile tra il 1531 e il 1533. E’ articolato in sette nicchie dove sono rappresentati episodi della vita di Gesù e storie del Nuovo Testamento: gli sportelli sono dipinti tanto all’esterno quanto all’interno con scene dell’Assunzione e Incoronazione della Vergine, della Trasfigurazione e della discesa dello Spirito Santo, dell’Annunciazione e dei santi Benedetto e Bernardo, ai quali si rivolgevano i Cistercensi quali “padri fondatori”, e dell’Arcangelo Gabriele, il guardiano del Paradiso.
-L’acquasantiera, una vasca rotonda, in pietra bigia, in stile rinascimentale, coronata da fiori scolpiti, datata 1506.