È generalmente quadrato, secondo la tradizione della villa romana ed è il punto di riferimento di tutto il complesso abbaziale. Organizzato secondo un’idea distributiva, esso è misura delle singole parti che formano un compatto nucleo di edifici rettilinei disposti ai quattro lati.
È considerato il cuore del monastero, perché esso è il centro della vita di monaci così come lo è della disposizione dei vari ambienti dell’abbazia stessa.
Lo schema tipo di un’Abbazia cistercense secondo i dettami di San Bernardo risulta così concepita come da schema sopra mostrato: chiesa con abside orientata a est; lato settentrionale costituito da un quadrato di edifici che racchiudono al proprio interno un chiostro (in verde). 
Adiacenti l’ala sud del transetto sono di regola: la sacrestia, la sala Capitolare, il parlatorio, la frateria, al di sopra dei quali si trova il dormitorio dei monaci; quindi sull’altro lato, che chiude il chiostro, si trovano gli ambienti per i conversi (come si può vedere in verde nello schema), analoghi e opposti a quelli dei monaci.
Il chiostro è in realtà costituito da due quadrati: uno piccolo (parte scoperta, giardino e aiuole), e uno più grande (tutti i locali coperti e le gallerie) che ha l’area doppia del piccolo.
Questo si otteneva utilizzando il modello di Villard de Honnecourt (XIII secolo), che molto probabilmente aveva ua volta “attinto” o si era basato su studi precedenti.
Per realizzare un chiostro come quelli di un’Abbazia Cistercense bastava, a quanto pare, l’uso di una corda a dodici nodi e una squadra. 
Come si vede nella piccola illustrazione, c’è una dimostrazione matematica del procedimento empirico usato dai costruttori delle abbazie:
Anche la cinta muraria esterna, era costruita sul “quadrato” (formando dunque una triplice cinta).
Il rettangolo aureo venne scelto come emblema supremo dei faraoni già dall'epoca predinastica, prima del 3000 a.C. Sotto la forma dei cosiddetti 'serekh', cartigli rettangolari in cui era tracciato il nome del faraone, nascondevano una serie di teoremi geometrici. Come se ogni faraone immortalasse col suo nome un teorema e la relativa soluzione. Alla dea Iside venne riservato l'onore di "impersonare" il rettangolo, ed era raffigurata con sul capo una sua rappresentazione. La conoscenza della proporzione aurea, diffusa in tutte le culture classiche (le proporzioni del Partenone rispettano il rettangolo aureo) si perse poi col tempo, per rispuntare nel Rinascimento.