Era costruita sulla parte più elevata del terreno generalmente in forma di croce latina, con una zona sacra sollevata di 12 gradini di vaste dimensioni.
Era il centro della vita di un monastero.
A causa della semplicità della vita cistercense, al momento delle cerimonie si ricorreva a pochi ministri per cui non servivano grandi spazi.
Nella zona sacra dalla parte dell’epistola, entrando a destra, era un piano d’appoggio ricavato nel muro con alcune piccole vasche, piscine, dove durante la Messa si versava l’acqua delle abluzioni, che attraverso condutture si perdeva nel terreno.
Dato che nella chiesa cistercense solitamente non vi erano i fedeli, ma solo i monaci, queste, non avevano quasi mai i portali, ma una piccola porta sul fianco, e se vi era una porta in facciata, essa era di piccole dimensioni e spesso non era collocata al centro.
La Chiesa comunicava con il chiostro attraverso una porta situata in asse con il transetto, quasi costituendo una linea continua con il lato orientale del transetto stesso.
Un’altra porta, che giungeva alla navata della chiesa circa nella prima campata entrando, costituiva l’ingresso dei fratelli conversi.
Dal lato opposto a quello di accesso al chiostro, tramite “la porta dei morti”, si accede al cimitero dei monaci.
La chiesa di un’abbazia era costruita generalmente su rapporti costanti, aritmetico-geometrici, basati sul numero tre e sul quattro. 
La forma base, lo abbiamo già rimarcato più volte, è il modulo “ad quadratum” che viene usato piccolo nella crociera delle navate laterali, nelle cappelle del transetto e, grande, nella navata centrale, nel coro e nell’incrocio della navata con il transetto.
In molte chiese abbaziali ritroviamo anche il doppio quadrato cioè il rettangolo 1x2 che si ottiene unendo le due crociere delle navate laterali, corrispondenti ad un lato della crociera della navata centrale.
L’abside della chiesa pure corrisponde ad un rettangolo, che è un quadrato doppio (dove l’abside presente abbia quella forma naturalmente).
Si è visto che, applicando opportuni calcoli matematici (teorema di Pitagora) al triangolo in cui può essere ripartito il rettangolo, si ottiene un rapporto corrispondente al numero aureo 1,618.
Questo fatto conferirebbe particolare “armonia” anche estetica all’insieme.
Ai monaci non c’era proprio da insegnare nulla!
Nella figura [modulo ad quadratum] sono chiaramente espressi i rapporti numerico-geometrici su cui si basa l’architettura cistercense: il modulo “ad quadratum”.
Nel disegno si vede un particolare della pianta dell’abside e alcune crociere; l’abside quadrata dell’Abbazia di Chiaravalle della Colomba, Alseno (PC), n. 14, è divisibile in due rettangoli; il quadrato piccolo – esempio al n. 3, 6 e 7 – è la metà del rettangolo 5; i quadrati grandi 15 e 16, sono formati da quattro quadrati piccoli cioè due rettangoli n. 5.